矿产资源补偿费是采矿权人因开采消耗属于国家所有的矿产资源而对国家的经济补偿，是矿产资源有偿开采和维护国家财产权益的重要体现。
1986年颁布实施《矿产资源法》并建立了矿产资源补偿费制度。《矿产资源法》规定国家对矿产资源实行有偿开采，开采矿产资源，必须按照国家有关规定缴纳资源税和资源补偿费。1994年，国务院颁布《矿产资源补偿费征收管理规定》（国务院令第150号），明确了矿产资源补偿费的征收目的、征收方式、计算方法、费率标准、征收部门等内容，为矿产资源补偿费的征收提供了可操作性的法律依据。
为加强矿产资源补偿费征收管理，行政主管部门对矿产资源补偿费制度进行了不断完善。1999年印发的《国土资源部、财政部关于进一步加强矿产资源补偿费征收管理工作的通知》（国土资发204号），以及2006年印发的《关于加强矿产资源补偿费征收管理的通知》（国土资发〔2006〕116号）等文件，强化了矿产资源补偿费征收管理，对欠缴费用清理、费用减免、入库管理、开采回采率监督等方面进行了规定。2013年，原国土资源部印发《关于进一步规范矿产资源补偿费征收管理的通知》（国土资发〔2013〕77号），进一步明确了开采回采率系数的确定，规范了矿产品计征销售收入的确定等内容。
随着我国税费管理制度改革中“清费立税”逐步深入，以及矿产资源权益金制度改革的实施，矿产资源补偿费被并入资源税。2016年，财政部、国家税务总局联合印发《关于全面推进资源税改革的通知》（财税〔2013〕53号），规定在实施资源税从价计征改革的同时，将全部资源品目矿产资源补偿费费率降为零，即从2016年7月1日起停止征收矿产资源补偿费。2017年《国务院关于印发矿产资源权益金制度改革方案的通知》（国发〔2017〕29号）也明确提出，按照清费立税原则，将矿产资源补偿费并入资源税，取缔违规设立的各项收费基金，改变税费重复、功能交叉状况，规范税费关系。至此，作为我国矿产资源有偿开采制度重要内容的矿产资源补偿费，完成了其历史使命。